高野山東京別院是高野山真言宗總本山金剛峯寺的別院。在日本慶長年間高野山東京別院為了作為高野山寶門、壽門兩個派系學僧們的駐在所而開建，到了延寶元年時又被建為「高野山江戶駐在所高野寺」。當時本寺院也擔起與幕府間所有宗教事務的交涉工作，以及將幕府的各種指示傳遞給日本全國古儀真言寺院的命令傳遞者（日文稱為「触頭」）工作。高野山會定期派遣擔任要職的僧侶輪值參勤，高野山東京別院作為學僧們教學修行的道場以及實踐弘法大師信仰的場所，承擔了非常重要的任務。

它的歷史非常古老, 始于江戶時代的早期, 在東戶時代的東京都大山長太寺的長海寺。 許多名人, 如江戶晚期 (區指定的歷史遺址)、明治時代的前伊努埃·高魯和西方畫家黑田清流, 以及喜劇《伊諾肯國王》, 都睡在這裡。 1977年4月, 世界上最大的菩薩雕像作為一個雕刻完成, 儘管在大和和鐮倉的哈塞爾拉同樣的作品----齧齒動物觀音雕像----參與了戰爭。

愛知縣圓福山妙嚴寺一般俗稱豐川稻荷，而豐川稻荷東京別院便是愛知縣圓福山妙嚴寺的直屬別院。 在江戶時代裡大岡越前守忠相公信仰一尊歷史悠久的佛像，後來寺方在明治20年（西元1887年）將位於赤坂一木大岡邸內的佛像諸物奉遷到現址，此後便一直持續至今。